药物研究中的蛋白质组学

　　译者序
　　序
　　前言
　　第一篇 简介
　　1 优化蛋白质组网络管理，促进药物开发
　　1.1 引言
　　1.2 管理的任务和目标
　　1.3 网络
　　1.4 生物标记物的评估
　　1.5 药物开发中蛋白质组网络的建设
　　1.6 管理网络的实现：脑蛋白质组计划
　　1.6.1 国立基因组研究网络：人脑蛋白质组计划
　　1.6.2 人类蛋白质组组织：国际脑蛋白质组计划
　　2 蛋白质组数据的标准化、存储和交换
　　2.1 引言
　　2.2 蛋白质分析工具
　　2.2.1 UniProt
　　2.2.2 InterPro
　　2.2.3 Proteome-Analysis I）atabase
　　2.2.4 Inteinational Protein Index
　　2.2.5 Reactome
　　2.3 数据的存储和提取
　　2.4 蛋白质组学标准化预案
　　2.5 通用蛋白质组学标准（GPS）
　　2.6 质谱分析
　　2.7 分子间的相互作用
　　2.8 总结
　　第二篇 蛋白质组技术
　　3 差异凝胶电泳（DIGE）：临床研究的新一代二维凝胶电泳
　　3.1 引言
　　3.2 差异凝胶电泳（新一代蛋白质2-DE检测技术）
　　3.2.1 DIGE CyDye最小量荧光标记的应用（CyDye最小量荧光的最小量标记）
　　3.2.2 DIGE CyDye饱和量荧光标记的应用
　　3.2.3 DIGE蛋白质组分析中统计学的应用
　　4 生物质谱：基础研究及药物研发相关技术
　　4.1 引言
　　4.2 电离理论
　　4.2.1 基质辅助激光解吸电离（MALDI）
　　4.2.2 电极喷射电离
　　4.3 质谱设备介绍
　　4.4 蛋白质鉴定方法
　　4.5 用于比较和功能蛋白质组学的定量质谱
　　4.6 代谢标记法
　　4.6.1 N标记
　　4.6.2 细胞培养中含有稳定同位素的氨基酸标记（SILAC）
　　4.7 化学标记法
　　4.7.1 蛋白质水平的化学法同位素标记
　　4.7.2 肽段水平的稳定同位素标记
　　4.8 定量MS：解密蛋白质-蛋白质相互作用
　　4.9 总结
　　5 蛋白质组学中的多维液相柱色谱——我们身在何处？
　　5.1 引言
　　5.2 为何需要MD-LC／MS？
　　5.3 MD-LC／MS方法的基本内容
　　5.3.1 概述
　　5.3.2 需要考虑的问题
　　5.3.3 样品的纯化
　　5.3.4 MD-LC的多相系统选择
　　5.3.5 操作部分
　　5.3.6 尖端技术 含酶解技术
　　5.4 MD-LC在蛋白质组学中的应用——现状简介
　　5.5 样品的纯化：克服蛋白质组学分析“瓶颈”的方法
　　5.6 总结
　　6 多肽组学技术及其在药物研究中的应用
　　6.1 引言
　　6.2 药物研究中的肽
　　6.2.1 肽的研究历史
　　6.2.2 多肽的简易生化特性
　　6.2.3 多肽药物
　　6.2.4 多肽生物标记物
　　6.2.5 临床多肽组学
　　6.3 多肽组学技术的发展
　　6.3.1 多肽分析方法进展
　　6.3.2 多肽组学概论
　　6.3.3 对内源性多肽的Top-Down鉴定
　　6.4 差异多肽组学的应用
　　6.4.1 药物开发中的多肽组学
　　6.4.2 多肽组学在体内实验中的应用
　　6.5 展望
　　7 蛋白质生物芯片在蛋白质组学中的应用
　　7.1 引言
　　7.2 技术概况
　　7.2.1 蛋白质的固定和表面化学
　　7.2.2 蛋白质的转印和检测
　　7.2.3 芯片内含物
　　7.3 蛋白质芯片的应用
　　7.4 对药物研究和开发的贡献
　　8 体外鉴定蛋白质相互作用的研究进展
　　8.1 引言
　　8.2 cAMP-依赖性蛋白激酶模型系统
　　8.3 用SPR生物传感器实时监控相互作用
　　8.4 药物设计中的ITC
　　8.5 高通量筛选工具一荧光极化
　　8.6 Alpha筛选在药物筛选上的应用
　　8.7 总结
　　9 完整细胞和组织中的分子网络——生物学和药物开发中的机遇
　　9.1 引言
　　9.2 一个关于细胞的比喻
　　9.3 分子调控网络图：理论基础
　　9.4 设想会骑车的机器人
　　9.5 以分子网络模块标准化为几何目标
　　9.6 获取功能信息：展望药物研发
　　第三篇 应用
　　10 从靶标到先导化合物
　　10.1 引言
　　10.2 材料和方法
　　10.2.1 细胞和培养条件
　　10.2.2 体外活性检测
　　10.2.3 亲和色谱
　　10.2.4 电泳和蛋白质鉴定
　　10.2.5 BIAcore分析
　　10.2.6 酰基氰化物的合成
　　10.3 结果
　　10.4 讨论
　　11 药物研究中的差异磷酸化蛋白质组分析法
　　11.1 引言
　　11.2 人类血小板的磷酸化蛋白质组学
　　11.2.1 皮层肌动蛋白
　　11.2.2 调节性肌球蛋白轻链
　　11.2.3 蛋白质二硫键异构酶
　　11.3 鉴定人体血小板中cAMp-和cGMP-依赖性蛋白质激酶的底物
　　11.4 分析野生型和基因敲除型小鼠的磷酸化蛋白质组差异，鉴定抗炎治疗的新型治疗靶点
　　11.5 总结
　　12 血清学与蛋白质组学技术在肾细胞癌生物标记物开发中的应用
　　12.1 引言
　　12.1.1 肾细胞癌
　　12.2 开发生物标记物的方法
　　12.3 采用不同蛋白质组学技术鉴定生物标记物的优点
　　12.4 生物标记物的类型
　　12.5 肾细胞癌细胞系和活组织切片的蛋白质组分析
　　12.6 鉴定有差异表达的蛋白质
　　12.7 总结
　　13 细胞器蛋白质组学在抗药性研究中的应用
　　13.1 引言
　　13.1.1 临床问题及蛋白质组学对策
　　13.2 实验目的和实验设计
　　13.2.1 细胞系
　　13.2.2 细胞器分离
　　13.2.3 蛋白质组分分离和鉴定
　　13.2.4 蛋白质丰度的定量比较
　　13.3 二羟葸二酮耐受型MC卜7细胞中膜蛋白质和核蛋白质的变化
　　14 人体体液的临床神经蛋白质组学：痴呆早期和鉴别诊断中的脑脊液和血液分析
　　14.1 引言
　　14.2 阿尔茨海默症的神经化学标记物
　　14.2.1 p淀粉样蛋白质前体（p_APP）：代谢和对AD诊断的影响
　　14.2.2 Tau蛋白质及其磷酸化形式
　　14.2.3 ApoE的基因型
　　14.2.4 其他可能的因子
　　14.2.5 CST参数的综合分析
　　14.2.6 展望：寻找生物标记物的新技术——质谱（MS）、二维荧光差异凝胶电泳（DIGE）及多路技术（multiplexing）
　　14.3 总结
　　15 蛋白质组学在阿尔茨海默症中的应用
　　15.1 引言
　　15.2 蛋白质组学分析
　　15.2.1 样品制备
　　15.2.2 二维电泳
　　15.2.3 蛋白质定量
　　15.2.4 基质辅助激光解吸／电离飞行时间质谱
　　15.3 在AD中发生表达下调和修饰的蛋白质
　　15.3.1 突触蛋白
　　15.3.2 导向蛋白
　　15.3.3 信号传导蛋白质
　　15.3.4 氧化蛋白
　　15.3.5 热激蛋白
　　15.3.6 在淀粉样斑中富集的蛋白质
　　15.4 不足之处
　　16 心脏蛋白质组学
　　16.1 心脏蛋白质组学
　　16.1.1 心脏2一D蛋白质数据库
　　16.1.2 扩张型心肌病
　　16.1.3 心脏病的动物模型
　　16.1.4 心脏亚蛋白质组学
　　16.1.5 人工培养心肌细胞的蛋白质组学
　　16.1.6 心脏疾病和移植后心脏抗原的蛋白质组学特性
　　16.1.7 急性移植排斥反应的标记物
　　16.2 血管蛋白质组
　　16.2.1 血管的蛋白质组学
　　16.2.2 血管细胞的蛋白质组学
　　16.2.3 激光捕获显微分离（LCM）
　　16.3 总结
　　第四篇 市场
　　17 创新过程
　　17.1 引言
　　17.2 创新过程评价标准
　　17.3 计划
　　17.4 市场吸引力
　　17.5 市场竞争地位
　　17.6 技术竞争地位
　　17.7 加强契合性
　　17.8 收益
　　17.9 风险
　　17.10 创新过程各个阶段的应交付成1
　　17.11 筛选式过程
　　17.11.1 确立评估项目（EvP）
　　17.11.2 晋升为探索性项目（EP）
　　17.11.3 发展为进展型项目（PP）
　　17.11.4 进入入市准备阶段
　　17.12 总结
　　索引
　　图版

　　《药物研究中的蛋白质组学》探讨的关键问题不是蛋白质组学本身，而是其在药物研发中的应用。它不是一本介绍具体的蛋白质组学技术的工具书，而是一本指引药物研发工作者如何以蛋白质组学技术为工具，达到新药开发目的的概要性教科书。该书原作者对《药物研究中的蛋白质组学》的设想很周到，书中不仅包括科学内容，还用一定篇幅介绍了科研工作中必需的管理性知识，它先从管理到技术，然后到应用，再回到管理，是一套完整的以蛋白质组技术进行药物研发的知识体系。书中不仅介绍了最传统的蛋白质二维凝胶电泳、质谱、液相色谱、芯片等蛋白质组学技术的基本原理，以及这些技术相互之间的综合运用，还详细介绍了它们在具体研究领域中的应用和进展。