第一章
为了登上神奇宝贝训练师的顶点.真新镇的少年小智带着大木博士赠送的神奇宝贝图鉴，踏上了漫长的旅途。在经历了与拥有同样目标的竞争对手小茂的战斗、与小蓝的相遇。以及与火箭队的殊死激战之后，小智终于如愿以偿获得了神奇宝贝联盟大赛的冠军。
第二章
两年后，神秘的训练师小黄来到了因为小智突然失踪而骚动不安的大木研究所。小黄一路追寻小智的消息不料。以渡为首的关东四天王拦在了她的面前。在瓦斯岛的决战中。小黄最终粉碎了关东四天王的野心。
第三章
又过了一年，居住在若叶镇神奇宝贝公馆中的小金，为了追踪从空木研究所盗走了小锯鳄的少年小银而踏上了旅途。经历了种种矛盾之后，两人终于联手作战。他们与接受了大木博士完成神奇宝贝图鉴委托的少女水晶会合。最终粉碎了率领火箭队余党在暗中活动的假面人的阴谋。
第四章
对神奇宝贝选美大赛满怀热情的少年路比，刚刚搬到未自镇的新居便离家出走。途中，他遇到了野丫头沙菲雅，两人以获得选美大赛全能冠军和打败所有训练馆首领为目标，展开了为期八十天的冒险竞争。
此时，在芳缘地区。水舰队与火岩队的秘密计划正在进行之中，并最终导致固拉多与盖欧卡觉醒，令芳缘地区陷入了濒临毁灭的状态。路比与沙菲雅经过殊死的战斗，终于令两只神奇宝贝重新进入了沉睡之中。
第五章
此后半年，以七岛为舞台小智他们的新战役又开始了。小智与超梦联手迎战坂木所控制的宇宙神奇宝贝——代欧奇希斯。刚刚为控制了战斗并使失控的战斗飞行艇平安着陆而松了一口气的小智他们，最后却遭到三兽士萨奇的阻截。萨奇放出了一道闪光。被光照射的五名图鉴所有者——小智、小茂、小蓝、小黄、小银竟然……
第六章
几个月后，神奇宝贝战斗的最前线对战开拓区，在芳缘落成。在面向媒体的开放日，受派遣而来的少年米拉特在记者的面前发出了夺取一对战开拓区总冠军的宣言。于是，在连续七天时问内挑战对战开拓区的七位开拓之脑的战斗开始了。米拉特顺利地向对战工厂的达拉、对战水管的小蓟发起了挑战……不过，正在顺利挑战的米拉特，却似乎又肩负着什么重大的使命……
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