药物设计

　　目录
　　第1章绪论1
　　11引言1
　　12新药的发现1
　　13药物开发程序3
　　14药物设计4
　　15药物设计学科的发展趋势7
　　参考文献9
　　第2章理论基础10
　　21分子生物学基础10
　　211蛋白质10
　　212核酸14
　　213酶和辅酶15
　　214脂类16
　　215糖类17
　　216离子通道17
　　217生物膜18
　　22分子药理学基础20
　　221受体与配基20
　　222药物受体相互作用的方式与本质21
　　223药物受体之间的锁匙关系23
　　224药物受体相互作用力类型26
　　23理论计算方法28
　　231分子力学28
　　232分子动力学29
　　24统计分析方法30
　　241回归分析31
　　242聚类分析33
　　243判别分析34
　　244主成分分析35
　　245偏最小二乘分析35
　　参考文献36
　　第3章生物电子等排原理与药物设计37
　　31生物电子等排37
　　32生物电子等排原理与药物设计38
　　321经典的生物电子等排的药物设计40
　　322非经典的电子等排的药物设计54
　　参考文献58
　　第4章前药原理与药物设计59
　　41前药原理59
　　411前药59
　　412前药原理59
　　42载体前药（小分子载体前药）60
　　421酯类前药60
　　422酰胺类前药69
　　423胺和季铵型前药71
　　424缩酮前药72
　　425曼尼希碱前药72
　　43双前药72
　　431羟基类药物的双前药73
　　432羧基药物的双前药75
　　433磷酸基药物的双前药78
　　434胺类药物的双前药78
　　435杂环—NH—的药物双前药80
　　436磺酰氨基药物的双前药81
　　437其他类双前药81
　　44聚合前药82
　　441糖类前药82
　　442环糊精类前药85
　　45协同前药86
　　451解热镇痛药与非甾体抗炎药的酯类协同前药87
　　452抗生素缩醛协同前药87
　　453抗生素与喹诺酮类抗菌药协同前药88
　　454钙拮抗剂与β受体阻断剂协同前药89
　　455利尿药与β受体阻断剂协同前药90
　　456肼哒嗪与β受体阻断剂协同前药90
　　457一氧化氮供体协同前药90
　　46生物前体前药93
　　461醇类前药93
　　462醛类前药94
　　463内酯前药94
　　464叔胺前药94
　　465偶氮化合物前药95
　　466亚砜前药95
　　467酮前药96
　　468环状前药96
　　参考文献96
　　第５章药物的定量结构活性关系97
　　51引言97
　　52QSAR中常见的数学建模方法98
　　521模型的形式已知（或已预先假设）98
　　522模型形式未知99
　　523人工神经网络100
　　524常见的数学建模软件106
　　53药物设计中QSAR常用的参数106
　　531电性参数106
　　532立体参数107
　　533疏水性参数109
　　534用于计算参数的常用软件介绍112
　　543DQSAR113
　　541CoMFA简介113
　　542CoMFA应用实例115
　　543CoMSIA简介116
　　544HQSAR方法简介117
　　参考文献118
　　第６章量子化学在药物设计中的应用119
　　61量子化学基础119
　　611薛定谔方程119
　　612分子轨道理论120
　　613从头算123
　　614半经验量子化学方法124
　　615密度泛函理论126
　　616QM/MM方法128
　　62量子化学参数与结构活性关系128
　　621量子化学参数128
　　622应用实例之一：喹诺酮类化合物的定量结构抗菌活性关系132
　　623密度泛函理论计算的描述子在定量构效关系中的应用133
　　624量化参数与其他结构参数相互结合134
　　625量化参数在定量构效关系研究中的优势及局限性134
　　63量子化学在药物设计中的其他应用134
　　631量化计算用于前药设计134
　　632量化计算通过获得酶活性位点的结合信息来指导药物设计137
　　633量化计算通过获得酶促反应过渡态结构信息来指导药物设计139
　　64量子化学软件及资源简介140
　　641量子化学软件140
　　642量子化学资源144
　　参考文献146
　　第7章分子对接与药物虚拟筛选147
　　71分子三维结构数据库简介147
　　711蛋白质结构数据库PDB147
　　712小分子数据库147
　　72类药性分析151
　　721简单的计算方法151
　　722功能基团的方法152
　　723神经网络的方法152
　　724递归分区法153
　　725聚类法分析153
　　73药效基团及三维结构数据库搜寻153
　　731基于配体的药效团模型154
　　732基于受体的药效团构建的方法155
　　733药效基团的应用157
　　74分子对接160
　　741分子对接的基本方法160
　　742自由能计算与打分函数164
　　743虚拟筛选的具体流程166
　　744分子对接的应用167
　　745DOCK具体操作实例171
　　参考文献174
　　第8章全新药物设计175
　　81全新药物设计的基本原理和主要问题175
　　82全新药物设计的一些重要方法176
　　821活性位点分析法176
　　822分子连接法177
　　83全新药物设计的重要应用178
　　参考文献180
　　第9章组合化学与药物开发181
　　91组合合成技术181
　　911混合分裂合成法181
　　912同步平行合成法182
　　913交替分合法183
　　914混合试剂合成法183
　　92组合合成方法184
　　921固相组合合成184
　　922液相组合合成194
　　93组合化合物库198
　　931类肽库198
　　932寡脲198
　　933磺酰肽和插烯磺酰肽199
　　934低聚氨基甲酸酯199
　　94虚拟组合化学库200
　　941Legion软件200
　　942CombiLibMaker200
　　95组合化学在药物开发中的应用201
　　951天然产物类似物库201
　　952基于靶标酶的药物设计203
　　参考文献204
　　第10章化合物的ADME性质与药物开发206
　　101药物动力学基本概念206
　　1011药物的ADME过程206
　　1012隔室模型210
　　102药物动力学参数与分子结构的关系210
　　1021药物的小肠吸收与分子结构的关系211
　　1022药物的经皮吸收与分子结构的关系212
　　1023药物透过角膜的吸收与分子结构的关系213
　　1024药物在脑组织中的分布与分子结构的关系214
　　103药物动力学在药物开发中的应用214
　　1031实验设计215
　　1032隔室模型求解药物动力学参数216
　　1033其他方法求解药物动力学参数226
　　参考文献227

　　    本书内容分为四大部分。前两章介绍了药物设计的概况及一些必备的基础知识，第三章和第四章分别介绍了经验层面的两个药物设计原理——生物电子等排原理和前药原理。第五至第八章对计算机辅助药物设计的一些原理和方法进行了阐述。最后两章针对药物设计研究中的最新发展趋势进行了介绍，内容包括组合化学和高通量筛选、化合物的ADME性质及其在新药开发中的应用。
　　    本书既可作为应用化学专业高年级本科生的教材，同时也可作为药学、化学及相关专业大学生和研究生、药物研究人员的教学或科研参考书使用。