生命科学实验指南系列：R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用

　　目录前言上篇 R语言第1章 R语言简介 31.1 平台 31.2 R语言的发展简史 41.3 R语言和统计学 51.4 运行R语言的环境及安装 61.5 交互式使用R语言 7第2章 R语言的基本数据结构 122.1 向量的赋值 122.2 向量的基本运算 122.3 构造向量 132.4 逻辑向量 162.5 字符向量 182.6 复数向量 182.7 获取向量子集和修正向量子集 192.8 常量 21第3章 R语言对象 223.1 对象的基本属性 233.2 改变对象的长度 243.3 获取对象的属性 253.4 获取对象类 26第4章 分组因子 274.1 分组因子 274.2 聚集计算 284.3 排序 29第5章 数组和矩阵 305.1 定义数组 305.2 数组子集操作 315.3 构造数组 335.4 数组计算 355.5 矩阵 375.6 数组矩阵合并 395.7 定义数组的操作 41第6章 数据列表和数据单 436.1 数据列表 436.2 构造数据列表 446.3 数据列表操作 446.4 数据单 45第7章 导入导出数据 487.1 高级函数 487.2 低级函数 507.3 命令台输入输出以及格式化 517.4 使用R语言内含的数据集 52第8章 组合表达式和控制语句 548.1 组合表达式 548.2 控制语句 54第9章 函数 609.1 排序的例子 609.2 定义新的操作符 629.3 参数名和参数缺省定义 629.4 ‘    ’形式的参数(虚参) 639.5 函数和变量的作用范围 639.6 类？通用函数和面向对象 659.7 调试 679.8 操作符号的优先级 68第10章 包 7010.1 标准包 7010.2 扩展包和CRAN 7110.3 包命名空间 7110.4 R语言中常用的包 71第11章 R语言中的统计 7311.1 R语言中的概率分布 7311.2 从离散数据集分析概率分布特性 7611.3 回归分析 80第12章 图形函数 9012.1 高级图形命令 9012.2 低级图形函数 9812.3 与图形进行交互 10012.4 利用图形参数 10112.5 图形参数列表 10212.6 设备驱动 10812.7 动态图形 111下篇 Bioconductor及其应用第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理 11513.1 Bioconductor简介 11513.2 DNA微阵列 11613.3 微阵列数据处理与分析 11813.4 Bioconductor开发背景 12613.5 Bioconductor各种包的分类介绍 131第14章 Bioconductor的使用 14014.1 Bioconductor的获取和安装 14014.2 Bioconductor快速入门 14314.3 Bioconductor应用实例 145第15章 数据库访问 16215.1 Rdbi软件包 16215.2 RdbiPgSQL软件包 16515.3 SAGElyzer软件包 167第16章 图形及用户接口 17416.1 widgetTools包 17416.2 tkWidgets包 17816.3 geneplotter包 18016.4 hexbin包 18516.5 limmaGUI包 18616.6 affylmGUI包 18816.7 webbioc包 188第17章 图结构 19017.1 graph包 19017.2 RGBL包 20017.3 Rgraphviz包 20417.4 SNAData数据包 213第18章 通用工具 21418.1 reposTools包 21418.2 Biobase包 22218.3 Biostrings包 22918.4 DynDoc包 23618.5 Ruuid包 23818.6 ctc包 23918.7 convert包 24018.8 Icens包 24118.9 exprExternal和externalVector软件包 241第19章 注释 24219.1 annotate包 24219.2 AnnBuilder包 24719.3 Resourcer包 25819.4 SNPtools包 26119.5 Data packages包 262第20章 基因本体学 26320.1 goTools包 26420.2 ontoTools包 26720.3 GOstats包 276第21章 微阵列数据预处理 28421.1 affy包 28421.2 affycomp包 29721.3 affydata包 30521.4 affypdnn包 30921.5 affyPLM 包 31321.6 gcrma包 31821.7 makecdfenv包 32021.8 annaffy包 32321.9 marray包 33021.10 matchprobes包 34321.11 vsn包 348第22章 数据分析 35122.1 daMA包 35122.2 edd包 35322.3 factDesign包 35822.4 genefilter包 36222.5 globaltest包 36522.6 gpls包 37122.7 multtest包 37522.8 pamr包 38122.9 MeasurementError.cor包 38522.10 limma包 38622.11 ROC包 39322.12 siggenes包 39622.13 splicegear包 40422.14 RMAGEML包 407第23章 微阵列比较基因组杂交 40823.1 aCGH包 40823.2 DNAcopy包 413第24章 蛋白质组学 41624.1 PROcess包 41624.2 gpls包 42024.3 apComplex包 420主要参考文献 422附录 R语言常用功能一览表 423

　　《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》是国内一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R语言是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R语言具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，能提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R语言这个开放平台上不断扩充其功能，开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时，Bioconduclor还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。