吴根友，男，一九六三年二月出生于安徽枞阳县一个农民家庭。一九八六年获安徽师范大学文学学士学位；一九八九年获武汉大学文学硕士学位，一九九二年获武汉大学哲学博士学位。二〇〇一年十月晋升为武汉大学哲学系教授，二〇〇二年增列为博士生导师。
一九九七年、二〇〇三年、二〇〇五年分别出席了在汉城、斯德哥尔摩、澳大利亚召开的第十、十三、十四届国际中哲学会。一九九七年十二月，应邀访问了香港浸会大学，一九九九年9月至二〇〇二年八月，曾在哈佛大学做访问研究一年。二〇〇五年四月，应法国巴黎第七大学东亚学院邀请，做学术访问，讲授中国明清哲学与现代化的问题。二〇〇六年二月，应美国Weslyan大学哲学系、东亚研究中心的邀请，出席了“新儒家与全球哲学国际学术研讨会”，并顺访了哥伦比亚大学、Loyola Marymount大学。二〇〇七年六月，协助郭齐勇教授，成功承办了在武汉大学召开的第十五届国际中国哲学大会，任大会秘书长。二〇〇八年十一月应朴松山教授邀请，访问了德国特立尔大学，并做了题为“明清时期新人性论与中国现代化的内在精神动力”的学术报告。二〇〇八年，在台湾“中央研究院”，做了关于“二十世纪后半叶台湾地区明清思想”的短期访问研究。
先后为本科生讲授了中国社会思想、中国古典哲学原著导读、中国哲学智慧、中国哲学史、道家通论、汉唐哲学、北宋至近现代哲学、宋元明清哲学专题等课程；二〇〇〇年，参与并主持了哲学学院“中西比较哲学试验班”的筹备与创办工作。
为研究生讲授了先秦诸子、中国哲学原著导读、明清哲学专题、中国政治哲学等课程。
二〇〇六年人选教育部新世纪优秀人才支持计划，《中国现代价值观的初生历程》一书获教育部第四届中国高校人文社会科学研究成果三等奖。二〇〇七年入选武汉大学珞珈特聘教授（聘期三年二〇〇八至二〇一〇年）。
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