系统生物学的理论方法和应用

　　第1部分 概论
　　第1章 基本原理
　　1.1 系统生物学是生物学
　　1.2 系统生物学是建模
　　1.3 系统生物学是数据整合
　　1.4 系统生物学是一门有生机的科学
　　第2章 生物学概要
　　引言
　　2.1 生命的起源
　　2.2 细胞的分子生物学
　　2.3 结构细胞生物学
　　2.4 基因的表达
　　2.5 细胞周期
　　第3章 数学概要
　　引言
　　3.1 线性代数
　　3.2 常微分方程
　　3.3 差分方程
　　3.4 统计学
　　3.5 图和网络理论
　　3.6 随机过程
　　第4章 实验技术概要
　　引言
　　4.1 基本技术
　　4.2 高级技术
　　第2部分 系统生物学的标准模型和方法
　　第5章 代谢
　　引言
　　5.1 酶动力学和热力学
　　5.2 代谢网络
　　5.3 代谢控制分析
　　第6章 信号转导
　　引言
　　6.1 细胞内和细胞间通讯的结构与功能
　　6.2 受体配体相互作用
　　6.3 信号通路的结构组成
　　6.4 信号转导:动力学与调节特征
　　第7章 选取的生物学过程
　　引言
　　7.1 生物学振荡
　　7.2 细胞周期
　　7.3 衰老
　　第8章 基因表达建模
　　引言
　　8.1 基因表达建模
　　8.2 启动子识别
　　8.3 真核基因表达特定过程的建模
　　8.4 E.coli 操纵子调控的建模
　　第9章 基因表达数据的分析
　　引言
　　9.1 数据获取
　　9.2 倍数变化分析
　　9.3 聚类算法
　　9.4 基因表达数据的验证
　　9.5 分类方法
　　9.6 反向工程遗传网络
　　第10章 进化和自组织
　　引言
　　10.1 准种和超循环
　　10.2 进化的其他数学模型
　　10.3 用最优原理预测生物系统
　　第11章 数据整合
　　引言
　　11.1 数据库网络
　　11.2 异质数据的信息度量
　　11.3 双边聚类
　　第12章 系统生物学展望
　　12.1 系统生物学:未来生物学研究和医学实践的核心
　　12.2 生物学研究在系统生物学阶段的实验设计
　　12.3 系统生物学时代的出版物
　　12.4 系统生物学和文本挖掘
　　12.5 医学中的系统生物学
　　12.6 药物研发中的系统生物学
　　12.7 食品生产和生物工程中的系统生物学
　　12.8 生态学中的系统生物学
　　12.9 系统生物学与纳米技术
　　12.10 指导新物种的设计
　　12.11 计算的局限性
　　12.12 潜在的危险
　　第3部分 计算机信息检索和检验
　　第13章 数据库和网络上的工具
　　引言
　　13.1 Gene Ontology
　　13.2 KEGG
　　13.3 BRENDA
　　13.4 NCBI的数据库
　　13.5 EBI的数据库
　　13.6 SwissˉProt， TrEMBL和UniProt
　　13.7 Reactome
　　13.8 PDB
　　13.9 TRANSFAC 和 EPD
　　13.10 Genome Matrix
　　第14章 建模工具
　　引言
　　14.1 建模和可视化
　　14.2 模型交换语言，数据格式

　　贺福初，中国科学院院士，第三世界科学院院士。1962年出生于湖南安乡，1982年毕业于复旦大学后考入军事医学科学院攻读硕士学位并入伍，相继获生物化学硕士、细胞生物学博士学位。现任事医学科学院副院长、研究员、博士生导师，兼任复旦大学生物医学研究院院长、教授。
　　要从事基因组学、蛋白质组学与生物信息学研究。曾发现“细胞活性因子的发育相关进化”、“相互作用分子的协同进化”、“mRNA编码区与非编码区的协调进化”及“物种演化中的分子减速进化”等规律性现象；发现并克隆肝细胞生成素、揭示其基因调控机制、研制其重组品，发现其受体及其两条信号转导通路；建立人胎肝转录组及其蛋白质组，从中发现500余种新基因、新蛋白质；发现中国人群常见恶性肿瘤及慢性肝炎等的易感基因10余种；倡导并领衔了人类第一个组织、器官的“人类肝脏蛋白质组计划”，这也是中国第一次领导大型国际合作计划， Nature、 Science、Nature Biotechnology 等国际著名杂志给予高度评价。以责任作者在国际核心刊物 Nature Genetics、 PNAS、 Gastroenterology、 Hepatology、Genome Res、 Mol Cell Proteomics、 Cancer Res、 JBC、 Oncogene 等发表论文100余篇。
　　荣获“中国青年科技奖”、“国家杰出青年科学基金”、“求是杰出青年实用工程奖”、“中国青年科学家奖”、“中国五四青年奖章”、“何梁何利基金科学与技术进步奖”。曾主持国家“863”以及“九五”、“十五”攻关、国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金委创新群体项目，国家自然科学基金重大、重点课题，北京市重大项目，上海市创新群体项目等10余项，是“973”项目“人类重大疾病的蛋白质组学”共首席科学家。获国际人类蛋白质组组织“研究奖”，国家自然科学二等奖2项，国家科技进步二等奖2项，军队科技进步一等奖2项，北京市科学技术一等奖3项。
　　现任国际人类肝脏蛋白质组计划共同执行主席，国际人类蛋白质组组织理事，国际核心刊物 Proteomics 资深编辑、 Molecular & Cellular Proteomics 编委，中国遗传学会副会长。

　　系统生物学是一门典型的交叉学科，需要生命科学、信息科学、数学和计算机科学等多学科的交叉研究；而目前国内还没有一本书能涵盖所有这些学科的内容。本书提供了进入系统生物学领域所必需的基础知识和学科概貌，内容体系连贯完整、深入浅出，非常适合作为课程教材和研究参考书。
　　全书分为3个部分。第1部分介绍系统生物学的主要基础：细胞生物学、数学和实验技术。第2部分介绍当前的计算建模和数据挖掘策略，包括代谢、信号转导、细胞周期、基因表达等各种细胞进程及其相互作用的各种细节；介绍了建模中的一些概念，并讨论了如何用不同的模型来解决一些常见的问题，如怎样解读数据、在特定条件下该应用哪种模型。第3部分对目前互联网上可获得的帮助和资源进行了概述性介绍，同时介绍了作者自己常用的一些建模工具；并对信息交换绝对必要的、从而也是构成系统生物学不可或缺的支柱数据库进行了概述。