《余云岫中医研究与批判》的文章主要是从余云岫的文集——《余氏医述》或《医学革命论集》一至三集中选取的，按照内容编成六个部分：一、对中医的系统研究与批判；二、关于废止旧医案；三、本草研究；四、中国医学史研究；五、医疗卫生工作与文化批评；六、序类。
《余云岫中医研究与批判》的核心内容是对中医的系统研究与批判，这些文章都是余云岫对中医的理论和实践进行充分研究的成果。所以，江苏的一位老中医说：“大家都知道西医前辈余云岫先生最最反对中医……但他对中医学方面的研究，是有相当深厚的基础，一般中医远远的望尘莫及。”有人称赞他的这些文章“前无古人，后无来者之巨制。前无古人者，昔日旧医既无现代知识，自不足以言今学；后无来者，则此后新医界，尚得有人读如许旧医典籍，能作如许文章，然后与谬妄邪说作知彼知己之搏战乎？”
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