系统生物学

　　第一篇 系统生物学概况
　　第1章 系统和系统生物学
　　1．1 复杂系统的研究方法
　　1．1．1 还原论
　　1．1．2 神圣论
　　1．1．3 一般系统理论
　　1．2 生物系统的特性
　　1．2．1 系统涌现性
　　1．2．2稳健性
　　1．3 系统生物学是一门整合不同数据的交叉学科
　　1．3．1 系统生物学是结合自上而下和自下而上研究方法的学科
　　1．3．2 系统生物学是综合发现性科学和假说性科学研究手段的学科
　　1．3．3 代系统生物学的特征
　　参考文献
　　第2章 网络和网络系统生物学
　　2．1 无标度网络
　　2．2 阶层网络
　　2．2．1 聚合系数
　　2．2．2 小世界网络
　　2．2．3 阶层性的网络
　　2．3 中心度
　　2．3．1 点度中心度
　　2．3．2 中间中心度
　　2．3．3 接近中心度
　　2．3．4 特征向量中心度
　　2．4 生物网络模体
　　2．5 网络模体的算法
　　2．5．1 生成随机网络的算法
　　2．5．2 子图搜索法
　　2．5．3 常用的网络分析软件
　　参考文献
　　第二篇 实验系统生物学
　　第3章 新兴的高通量测序技术
　　3．1 第二代测序技术
　　3．1．1 454测序技术
　　3．1．2 Solena测序技术
　　3．1．3 SOLiD测序技术
　　3．1．4 第二代测序技术的缺陷
　　3．2 第二、三代测序技术间的过渡
　　3．2．1 离子半导体测序技术
　　3．2．2 首个单分子测序平台
　　3．3 第三代测序技术
　　3．3．1 实时单分子测序技术
　　3．3．2 纳米孔测序技术
　　3．4 总结
　　参考文献
　　第4章 新兴高通量测序技术在系统生物学中的应用
　　4．1 新兴高通量测序技术在单核苷酸多态性鉴定中的应用
　　4．2 新兴高通量测序技术在检测基因组结构改变中的应用
　　4．3 新兴高通量测序技术在识别基因融合中的应用
　　4．4 新兴高通量测序技术在肿瘤基因表达谱研究中的应用
　　4．5 新兴高通量测序技术在全基因组范围转录因子DNA结合位点中的应用
　　4．6 新兴高通量测序技术在肿瘤表观基因组学研究中的应用
　　4．6．1 新兴高通量测序技术在组蛋白修饰研究中的应用
　　4．6．2 新兴高通量测序技术在DNA甲基化研究中的应用
　　4．7 新兴高通量测序技术在其他方面的应用
　　4．8 未来测序技术面临的挑战
　　4．8．1 有效区分致癌基因的“驱动突变”和“随从突变”
　　4．8．2 解决肿瘤异质性问题和充分利用福尔马林固定石蜡包埋组织样品
　　参考文献
　　第5章 质谱的基本原理
　　5．1 质谱原理
　　5．1．1 离子化
　　5．1．2 质谱仪分类
　　5．2 质谱的生物分析物测序
　　5．3 生物分析物的分离
　　参考文献
　　第6章 定量蛋白质组学
　　6．1 蛋白水平的定量策略
　　6．2 肽段水平的定量策略
　　6．2．1 基于串联质谱的蛋白质定性分析
　　6．2．2 蛋白质定量分析
　　6．3 常用同位素标记定量蛋白组学方法
　　6．3．1 SILAC方法
　　6．3．2 同位素编码的亲和标签技术
　　6．3．3 iTRAQ技术
　　6．3．4 氧18（18O）标记法
　　6．3．5 绝对定量法
　　6．4 无标记定量蛋白质组学
　　6．5 蛋白质组学各种定量方法的比较
　　6．6 蛋白质组学数据分析
　　6．6．1 格式转化软件
　　6．6．2 肽段蛋白鉴定分析软件
　　6．6．3 定量比较分析软件
　　6．6．4 后期分析软件
　　6．6．5 蛋白质组学数据分析平台
　　6．7 以小波理论为基础的蛋白质组学定量方法
　　6．8 蛋白质组学的局限和挑战
　　参考文献
　　第7章 亚蛋白质组学
　　7．1 磷酸化蛋白质组
　　7．1．1 磷酸肽的富集方法
　　7．1．2 磷酸肽的鉴定
　　7．1．3 新的碎裂技术
　　7．2 糖基化蛋白质组
　　7．2．1 糖蛋白和糖肽的富集
　　7．2．2 糖蛋白鉴定的难点
　　7．3 多肽组学
　　参考文献
　　第8章 GC-MS／LC-MS代谢组学分析
　　8．1 GC-MS代谢组学分析
　　8．2 GCXGC-MS代谢组学分析
　　8．3 HPLC-MS代谢组学分析
　　8．4 UPLC-MS代谢组学分析
　　8．5 HPLCX HPLC-MS代谢组学分析
　　8．6 发展与展望
　　参考文献
　　第三篇 计算系统生物学
　　第9章 基因调控网络
　　9．1 基因调控网络
　　9．2 基因调控网络模型概述
　　9．3 布尔网络模型
　　9．3．1 布尔网络
　　9．3．2 概率布尔网络
　　9．3．3 网络的动态行为
　　9．3．4 基因调控网络的预测
　　9．3．5 网络的扰动或干预
　　9．3．6 PBN的应用实例
　　9．4 贝叶斯网络模型
　　9．4．1 贝叶斯网络的概述
　　9．4．2 贝叶斯网络的学习
　　9．4．3 动态贝叶斯网络
　　9．4．4 贝叶斯网络应用
　　9．5 小结
　　参考文献
　　第10章 因特网上的数据库和工具
　　10．1 组学数据库
　　10．1．1 美国国家生物技术中心（NCBI）数据库
　　10．1．2 欧洲生物信息学研究所的数据库
　　10．1．3 Swiss—Prot，TrEMBL和UniProt
　　10．2 生物途径网络数据库
　　10．2．1 京都基因和基因组百科全书（KEGG）
　　10．2．2 其他生物途径数据库
　　10．3 蛋白相互作用数据库
　　10．4 基因本体注释和分类
　　10．5 蛋白结构数据库PDB
　　10．6 TRANSFAC和EPD转录子数据库
　　10．7 BRENDA数据库
　　10．8 Reactome数据库
　　10．9 基因组微阵列
　　10．10 生物系统建模工具
　　参考文献
　　第11章 蛋白质与其他分子相互作用生物信息方法介绍
　　11．1 蛋白质一蛋白质相互作用
　　11．1．1 蛋白质一蛋白质作用位点预测
　　11．1．2 蛋白质一蛋白质对接
　　11．2 蛋白质一小分子相互作用
　　11．2．1 蛋白质一小分子结合位点的预测
　　11．2．2 蛋白质一小分子对接与虚拟筛选
　　11．2．3 常用蛋白质一小分子对接软件介绍
　　11．2．4 小分子化合物数据库
　　11．3 蛋白质-DNA相互作用
　　11．3．1 蛋白质-DNA结合位点预测算法
　　11．3．2 metaDBSite算法介绍
　　11．4 小结
　　参考文献
　　第12章 系统生物学模拟工具
　　12．1 系统生物学标记语言
　　12．1．1 系统生物学标记语言
　　12．1．2 LilbSBML
　　12．1．3 基于MATLAB的SBML工具箱
　　12．1．4 基于Matlaematica的MathSBML
　　12．1．5 MathSBML软件具体应用
　　12．2 生物学网络图形编辑模拟工具CellDesigner
　　12．2．1 CellDesigner的主要特征
　　12．2．2 系统生物学图形化标注
　　12．3 Cytoscape数据整合及网络显示分析平台软件
　　12．3．1 Cytoscape简介
　　12．3．2 插件安装
　　12．3．3 BiNGO插件的安装和使用
　　12．3．4 Cerebral插件的安装和使用
　　12．3．5 Agilent Literature Search插件安装和使用
　　12．3．6 MiMI P1ugin插件的安装和使用
　　参考文献
　　索 引
　　彩 图

　　    林标扬，教授，博士生导师，杭州普望生物技术有限公司董事长兼总裁，浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院首席科学家，美国西雅图瑞典医学中心研究员，浙江省“千人计划”创新人才入选者，开发区领军型留学人才。加拿大大不列颠哥伦比亚大学（UBC）医学遗传学博士，曾在英国帝国癌症研究中心从事两年博士后工作。2000年受Leroy Hood教授（美国三院院士，系统生物学创始人）邀请加入他创立的全球第一个系统生物学研究所并成为癌症研究组的带头人，在其后的六年中，林标扬博士管理拥有超过五百万美元研究经费的研究小组。归国之前，林标扬已获得六项美国专利，多项美国专利待批。林标扬和Leroy Hood教授 （Amgen, Applied Biosystems Inc. 等20家美国上市公司的创始人，其中 Amgen, Applied Biosystems Inc.公司的市值共达500亿美金） 在美国西雅图共创 Homestead 诊断公司，获五百万美金风险投资。Homestead 诊断公司之后并入美国西雅图整合诊断公司（Integrated Diagnostics），引入资金3000万美金。 2010年，林标扬和几位资深投资商共创普望生物集团有限公司，普望生物集团有限公司在杭州创办的杭州普望生物技术有限公司注册基金800万美金。
　　    林标扬在用于癌症早期诊断的标志物寻找和鉴定上有非常丰富的经验，发现了许多重要的前列腺癌标志物（如TMPRSS2, PART1, PSDR1, WDR19等）、肝癌标志物和预测卵巢癌化学疗法响应的标志物；在PNAS, Science, Nature, New Eng. J. Medicine, Cancer Research等顶级期刊上发表论文50余篇，论文被引用次数超过2403次。2008年度获国家科学技术学术著作出版基金资助编著《系统生物学》（中文版）一书，该书将是国内第一本系统阐述系统生物学的著作。

　　    《系统生物学》将介绍系统生物学的基本概念和原理；然后介绍系统生物学的研究方法和手段，包括蛋白质组学、基因组学、转录组学和代谢组学等研究方法和计算模拟方法；最后将介绍系统生物学在医学及其它生物科学领域中的应用。