基因组数据分析手册

　　第1章 大规模基因组测序策略与技术
　　1.1 大规模基因组测序的常用技术
　　1.2 大规模测序的策略
　　1.3 逐步克隆法测序策略
　　1.4 全基因组霰弹法测序策略
　　1.5 大规模基因组测序的现状与发展趋势
　　第2章 生物信息数据库
　　2.1 文献检索
　　2.2 核酸序列数据库检索
　　2.3 基因组序列数据库检索
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　　    随着人类和模式生物基因组测序工作的迅速发展，有关核酸、蛋白质序列的结构与功能的数据与时呈指数俱增。基于生物技术和信息技术的融合，对这些海量生物学数据进行联手处理、分析，有助于阐明和解读基因组数据中所包含的生物学意义，从中发现重大生命科学的规律，揭示生命奥秘，这将是基因组学这门新兴的交叉学科所承担的重要任务。
　　    掌握基因组数据分析方法是解开生命奥秘的钥匙。本手册从大规模基因组测序入手，顺沿基因组数据的产生、储存、检索和分析这条线索，依次介绍了测序分析软件（Phred-Phrap-Consed）、  序列同源性联配分析工具（BLAST、SlM4、CLUSTALW）和蛋白质结构预测，以及蛋白质序列功能注释、分类和代谢途径分析等软件的功能和用法，此外，还介绍一些网络公共数据库资源和杭州华大基因研发中心研制的EST序列分析系统。初学者可“对号入座，各取所需”。
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　　第1章 大规模基因组测序策略与技术
　　1.1 大规模基因组测序的常用技术
　　1.2 大规模测序的策略
　　1.3 逐步克隆法测序策略
　　1.4 全基因组霰弹法测序策略
　　1.5 大规模基因组测序的现状与发展趋势
　　第2章 生物信息数据库
　　2.1 文献检索
　　2.2 核酸序列数据库检索
　　2.3 基因组序列数据库检索
　　2.4 氨基酸序列数据库
　　2.5 蛋白质结构数据库PDB
　　2.6 疾病相关基因数据库
　　第3章 序列联配(BLAST、slM4)
　　3.1 Blast
　　3.2 Sim4
　　第4章 多序列联配(Clustal W)
　　4.1 C1ustal简介
　　4.2 目的
　　4.3 原理
　　4.4 步骤
　　4.5 结果及分析
　　第5章 测序分析软件(Phred／Phrap／Consed)
　　5.1 Phred碱基读取程序
　　5.2 Phrap序列组装程序
　　5.3 Consed图形化视图
　　第6章 EST序列分析系统
　　6.1 EST通道化分析系统(EST Analysis Pipeline System TM)
　　6.2 用户登录
　　6.3 主界面和界面说明
　　6.4 模块功能列表
　　第7章 蛋白质序列的功能注释、分类和代谢途径分析
　　7.1 蛋白质序列的功能注释
　　7.2 蛋白质序列的功能分类
　　7.3 蛋白质序列的代谢途径分析
　　7.4 蛋白质序列综合注释示例
　　第8章 ORF的搜寻及蛋白质结构预测
　　8.1 ORF的搜寻
　　8.2 蛋白质二级结构预测
　　8.3 用Swiss-model进行蛋白质三维结构预测
　　8.4 用PROSPECT进行蛋白质三维结构预测
　　第9章 华大基因研发中心网络资源
　　9.1 BTN简介
　　9.2 PASDB简介
　　9.3 RICE GD简介
　　9.4 UNIBLAST简介
　　9.5 HGP简介
　　9.6 TTEN简介
　　第10章 Bioperl 简介
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　　    随着人类和模式生物基因组测序工作的迅速发展，有关核酸、蛋白质序列的结构与功能的数据与时呈指数俱增。基于生物技术和信息技术的融合，对这些海量生物学数据进行联手处理、分析，有助于阐明和解读基因组数据中所包含的生物学意义，从中发现重大生命科学的规律，揭示生命奥秘，这将是基因组学这门新兴的交叉学科所承担的重要任务。
　　    掌握基因组数据分析方法是解开生命奥秘的钥匙。本手册从大规模基因组测序入手，顺沿基因组数据的产生、储存、检索和分析这条线索，依次介绍了测序分析软件（Phred-Phrap-Consed）、  序列同源性联配分析工具（BLAST、SlM4、CLUSTALW）和蛋白质结构预测，以及蛋白质序列功能注释、分类和代谢途径分析等软件的功能和用法，此外，还介绍一些网络公共数据库资源和杭州华大基因研发中心研制的EST序列分析系统。初学者可“对号入座，各取所需”。
　　    本手册既可作为从事生物学、医学、农学、计算机科学等领域的科研及教学人员的工具书，也可作为大学生和研究生的实习指导用书。本手册可以帮助读者初步掌握基因组数据分析的方法，并为他们学习基因组学导航。
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