绪论
第一节 生物信息学的兴起
一、人类基因组计划
二、生物信息学与组学
第二节 生物信息学在生命科学中的地位及意义
一、生物信息学内涵
二、生物信息学在现代生物医学发展中起着重要作用
第一篇 生物信息学基础
第一章 DNA、RNA和蛋白质序列信息姿源
第一节 引言
第二节 核酸序列数据库
一、GenBank数据库
二、EMBL数据库
三、DDBJ数据库
四、其他数据库
第三节 蛋白质序列数据库
一、PIR数据库
二、MIPS数据库
三、其他数据库
第四节 NCBI与EMBL-EBI
一、NCBI简介
二、EMBL-EBI简介
三、通过Entrez Gerle从NCBI获取序列信息
四、通过SRS从EBI中获取蛋白质序列信息
小结
第二章 双序列比对
第一节 引言
一、同源、相似与相同
二、相似性的定量描述
三、空格
第二节 替换记分矩阵
一、通过点矩阵对序列比较进行记分
二、DNA序列比对的替换计分矩阵
三、蛋白质序列比对的替换记分矩阵
第三节 双序列比对算法
一、全局比对的经典算法
二、局部比对的经典算法
第四节 数据库搜索
一、BLAST
二、数据库搜索实例
第五节 比对的统计学显著性
一、全局比对的统计学显著性
二、数据库搜索的统计学显著性
第六节 参数的选择
一、空格罚分参数
二、BLAST的参数
三、如何处理太多与太少的数据库搜索返回
小结
……
第三章 多序列比对
第四章 序列特征分析
第五章 分子进化分析
第六章 表达序列分析
第七章 基因芯片数据分析
第二篇 功能基因组信息学
第八章 基因注释与功能分类
第九章 蛋白质分析与蛋白质组学
第十章 蛋白质结构分析
第十一章 转录调控的信息学分析
第十二章 生物分子网络
第十三章 计算表观遗传学
第三篇 生物信息学与人类复杂疾病
第十四章 人类复杂疾病与计算机系统生物学
第十五章 单核苷酸多态与人类疾病
第十六章 miRNA与复杂疾病
中英文对照索引
英中文对照索引
附录 药物生物信息学
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