如何改造、团结、利用知识分子，一直是中国新民主主义革命和社会主义建设中无法回避的重要理论和实践问题。1925年，毛泽东在《中国社会各阶级的分析》中，从理论层面分析了知识分子的阶级属性和政治倾向．初步提出了改造、团结和利用知识分子的主张。延安整风发展了在党组织强力领导下的政治学习与政治审查相结合的一套完整的知识分子思想改造模式，一般包括听报告、学习与阅读文件；批评与自我批评；交代历史；组织审查与清理等步骤。这一套知识分子思想改造的模式曾经在解放区的机关学校广泛实践，为中国共产党训练知识分子起了重要作用。
对电影《武训传》的批判是1949年之后头一个全国规模的思想批判运动。《武训传》中表露出来的改良主义思想以及党內外对这个电影的赞扬，在毛泽东看来是混淆了革命与改良的界限，丧失了马克思主义的立场。在对电影《武训传》批判的过程中，上到中央有关领导，下到和“武训”有关的教育界、思想界的专家教授都不得不作自我批判。这是建国以后对改良主义所做的头一次系统的清理。
陶行知是武训精神得力的鼓吹者，也是一位典型的教育救国论者，在民主革命期间是中国共产党坚定的政治盟友，曾被毛泽东称为“人民教育家”。然而，随着对《武训传》批判的深入开展，陶行知成为新的批判重点。他的教育救国、改良主义以及“生活教育”理论受到了系统批判。
就在批判《武训传》和重新评价陶行知教育思想的同时，新政权又开展了知识分子思想改造运动。就高等学校而言，这个运动可以分为三个阶段：第一阶段是京津唐教师的政治学习运动；第二阶段是“三反”运动；第三阶段是自我批判。在思想改造运动的同时，对新知识分子的组织清理工作半公开进行着。通过这些工作，新知识分子中政治不可靠者被清除，他们的政治状况得以摸清，“资产阶级政治思想”受到了初步批判。
秦牧是我国现代著名作家，1950年任广东省文教厅资料科科长，《广东教育与文化》的执行编辑，并任中山大学中文系讲师。由于不满《人民教育》对《广东教育与文化》的无理指责，他写文章公开反驳《人民教育》。这被看成是反对知识分子思想改造的典型事件。1951年11月28日，华南区党委机关报《南方日报》第3版用了整整一版的篇幅来批评他，并且发了社论《应当欢迎思想改造——论秦牧同志拒绝批评事件》。
1954年，两位青年学者批评俞平伯“《红楼梦》研究”的文章，引起了毛泽东的关注。10月16日，毛泽东给党内有关领导写了《关于研究问题的信》。由此引发了全国规模的“红楼梦研究”问题的大讨论。这场批判运动试图肃清资产阶级唯心主义在学术界的影响，并对全国700万知识分子系统地开展了一场唯物主义的教育。
胡适是民国时期学术界、思想界、教育界的代表性人物，也是杜威实验主义哲学的吹鼓手，他提出“大胆假设、小心求证”的实证主义取向的治学方法影响深远。从1954年底到1955年5月，党的宣传系统发动了声势浩大的胡适思想批判运动，全国报刊发表了数百篇文章，从不同的角度开展了对胡适的批判。
为了肃清杜威实用主义在教育界的影响，教育界开展了对杜威的学生陈鹤琴儿童教育理论的批判。陈鹤琴被看成是实用主义、买办教育的双重典型，他不得不放弃活教育理论，经过数十次的检讨才获得原谅。
在“反右”运动中，知识分子的学术思想再次成为批判的焦点。一批持有不同学术观点的学者遭到严肃的批判。1949年以后，著名哲学家冯友兰不断根据政治风向的变化做自我批判，在遭到政治扭曲的同时也不断放弃自己的主见，但仍然没有摆脱被批判的命运。著名社会学家费孝通为了恢复被取消的社会学，遭到了猛烈的批评，恢复社会学被说成是复辟资本主义，最终被划为右派，在长达20年的时间中无法发挥作用。著名史学家雷海宗对社会主义阵营社会科学的批评及其对马克思主义某些说法的不同意见，遭到了全国史学界的批判，被划为右派。一大批具有这样资格的学者受到了不同程度的批判，中国社会科学的学术传统被迫中断。
20世纪50年代不断开展的知识分子思想批判的中心主题有四个：一是要求知识分子用爱国、爱党、爱社会主义的话语取代“民族主义”话语。二是要求知识分子放弃形形色色的“教育救国论”、“学术救国论”等改良主义的社会变革主张，全面认同党的武装革命传统。三是要求知识分子放弃“学术自由，超阶级、超政治、纯技术”的学术路线，树立教育、学术为无产阶级政治服务的思想，走又红又专的道路。四是要求知识分子彻底放弃桀骜不驯、精神独立、思想自由的个性，走和工农相结合的道路，从情感上彻底工农化。
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