未培养微生物多样性的统计性估测
1 引言
2 丰度数据
2.1 参数丰度模型
2.2 非参数丰度模型
2.3 基于覆盖度的估计
2.4 讨论
3 发生率数据
3.1 参数发生率模型
3.2 发生率非参数模型
3.3 基于覆盖度的发生率非参数模型
3.4 含有协变量的模型
4 评论
附录：软件
参考文献
大规模平行测序表征微生物种群结构
1 微生物多样性和可栖息性
2 对微生物分类学和生态学的分子影响
3 大量平行DNA焦磷酸测序和微生物多样性
4 rRNA高可变区焦磷酸序列的生物信息学解释
5 微生物多样性和“稀有生物圈”的拓展性展望
6 大规模平行DNA测序和微生物种群结构的未来调查
参考文献
用微阵列技术检测和鉴定未培养微生物
1 引言
2 微芯片的类型
2.1 系统发育寡核苷酸芯片（POAs）
2.3 群落基因组芯片
2.4 宏基因组芯片
2.5 全基因组开放阅读框芯片
2.6 同位素芯片
2.7 其他类型的芯片
3 微芯片的应用
3.1 微生物检测
3.2 微生物种群动力学和活性
3.3 微生物鉴定
4 芯片分析所面临的挑战及其局限性
4.1 依赖于已培养生物和／或已知序列的分析
4.2 芯片分析的灵敏度
4.3 特异性
4.4 芯片的定量性
4.5 数据分析和标准化
5 结束语
参考文献
天然实验室：来自未培养甲烷营养菌的经验
1 引言
2 厌氧嗜甲烷菌的发现
3 海底厌氧嗜甲烷菌的鉴定及定量
4 从原位观测到体外富集
4.1 寻找AOM热点
4.2 能量限制：甲烷及硫酸盐的供应及终产物的移除
4.3 最适温度与pH
4.4 避氧
4.5 其他生长需求
4.6 ANME与伴生菌富集的抑制或解偶联
5 展望：其他分离技术
参考文献
不可培养微生物的单细胞全基因组扩增
1 引言
2 细胞分离方法
2.1 微液滴捕获法
2.2 技术
2.3 荧光激活细胞分类技术（FACS）
2.4 微流控术
3 单个细胞的DNA分离和扩增
4 测序和基因组装配
5 从基因组学到生物学
参考文献
生长缓慢异养微生物的生理生态适应性及培养的结果
1 引言
2 资源和营养限制的生长
2.1 生物量水平的营养限制
2.2 生长速率的营养限制
3 对营养限制的生理适应
4 效率 Vs.快速生长
5 生长缓慢作为增加可培养能力的一项策略
6 为什么有大平板计数异常（GPCA）？
7 总结
参考文献
可育但不可培养细菌
1 引言
2 霍乱弧菌和其他物种的可育但不可培养状态
3 VBNC细胞的计数方法
4 霍乱暴发模型
参考文献
微生物不可培养性的普适性模型
1 引言
2 不可培养微生物的原位培养
2.1 方法一：扩散室（Diffusion Chamber）
2.2 方法二：分离芯片（Ichip）
3 不可培养微生物的体外生长及其驯化
3.1 获得不可培养物种的可培养变种
3.2 微生物的共生生长和共培养
4 不可培养机制：MSC33的个案研究
5 微生物的种群中的异质性
6 对大平板计数异常现象的解释
6.1 模型
6.2 模型对不可培养现象及更多现象的解释
6.3 探索者模型的含义
7 结论
参考文献
未培养微生物的宏基因组和新抗生素发现
1 次级代谢物与抗生素
1.1 次级代谢物介绍
1.2 新抗生素将来自于何处？
1.3 微生物多样性和宏基因组学
2 以土壤DNA用于药物发现的早期宏基因组实验
2.1 hsp70、gyrA、纤维素酶及其他
2.2 EDNA文库和异源表达
2.3 信号、抗性、Turbomycins和Terragines
3 从EDNA中克隆次级代谢生物合成途径的进展.
3.1 次级代谢物途径集约模型
3.2 “制约”宏基因组
3.3 更好的载体
3.4 更好的宿主
3.5 文库的大小
3.6 最新筛选
4 结论
参考文献
耐受性菌株、生物被膜和可培养性问题
1 耐受性细胞的发现
2 生物被膜与耐受性菌株的复苏
参考文献
把概念推向极限：不可培养细菌与太空生物学
1 微生物培养
2 表型生长
3 生命指征
4 无生长发生时的生命检测
5 生命的动力学指征
6 地球以外样品中寻找生命
7 不可培养的外星生命
8 有关生命起源及生命的早期进化的建议：思考素材
参考文献
译者后记
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