生物信息学

　　绪论
　　第一节 生物信息与生物信息学
　　一、迅速增长的生物信息
　　二、生物信息学的概念
　　第二节 生物信息学简史与展望
　　一、生物信息学发展简史
　　二、生物信息学技术的应用
　　三、生物信息学学科展望
　　第三节 本书的组织与使用
　　*第一篇 生物信息学基础
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　　樊龙江 浙江大学生物信息学研究所和作物科学研究所教授，生物信息学和作物遗传育种专业博士生导师。教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者，浙江省生物信息学学会副理事长，德国DAAD访问学者。自2000年起，直接参与浙江大学生物信息学学科筹建，为浙江大学第一批生物信息学专业导师。

　　本书阅读对象为本科、研究生和从事生物学及其相关专业领域（如医学、农
　　学等）科研与开发人员等，可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信
　　息学专业学生和科研工作者的基础教材。本书共分为四部分：生物信息学基础
　　（一篇）、高通量测序数据分析（第二篇）、生物信息学外延与交叉（第三篇）和生
　　物信息学资源与实践（第四篇）。各篇内容：（1）作为生物信息学的基础篇，一
　　篇包括8章内容，涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统
　　发生树构建和蛋白质结构预测等。同时也涵盖了生物信息学计算机基础部分，
　　包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学的
　　基本概念和主要方法。（2）第二篇为高通量序列数据分析，主要针对目前第二代
　　和第三代测序技术产生的核苷酸序列数据，涵盖基于高通量测序数据的基因组
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　　绪论
　　第一节 生物信息与生物信息学
　　一、迅速增长的生物信息
　　二、生物信息学的概念
　　第二节 生物信息学简史与展望
　　一、生物信息学发展简史
　　二、生物信息学技术的应用
　　三、生物信息学学科展望
　　第三节 本书的组织与使用
　　*第一篇 生物信息学基础
　　第1-1章 生物信息类型及其产生途径
　　第一节 生物信息的类型
　　第二节 DNA测序技术
　　一、第一代测序技术
　　二、第二代测序技术
　　三、第三代测序技术
　　第三节 高通量测序技术的应用
　　一、DNA／RNA相关测序
　　二、蛋白质一DNA／RNA互作测序
　　三、甲基化／宏基因组测序
　　第四节 蛋白质序列及其结构测定
　　一、蛋白质序列与蛋白质互作测定
　　二、蛋白质结构测定
　　第1-2章 分子数据库
　　第一节 分子数据库概述
　　一、分子数据库概念
　　二、数据库记录格式
　　三、数据库冗余、序列递交和检索
　　第二节 核苷酸及其相关数据库
　　一、DNA／RNA序列数据库
　　二、基因组数据库
　　三、非编码RNA数据库
　　第三节 蛋白质及其相关数据库
　　第四节 代谢途径等专业数据库
　　一、代谢途径数据库
　　二、代谢组学数据库和表型数据库
　　第1-3章 两条序列联配算法及序列搜索
　　第一节 序列联配基本概念
　　第二节计分矩阵
　　一、计分矩阵的一般原理
　　二、氨基酸替换矩阵
　　三、位置特异性计分矩阵(PSSM)
　　第三节 两条序列联配算法
　　一、Needleman-Wunsch算法
　　二、Smith-WaterTnan算法
　　第四节 BLAST算法及数据库搜索
　　一、BLAST算法
　　二、利用BLAST 进行数据库序列搜索
　　三、序列相似性的统计推断
　　第1-4章 多条序列联配算法及功能域分析
　　第一节 多序列联配概念及其算法
　　一、多序列联配概念
　　二、多序列全局联配算法
　　三、多序列局部联配算法
　　第二节 蛋白质序列功能域分析与模型
　　一、功能域概念
　　二、功能域模型
　　第三节 熵与信息量
　　一、不确定性与信息量
　　二、信息熵的应用
　　第1-5章 基因预测与功能注释
　　第一节 基因组序列构成与基因预测
　　一、基因组序列的基本构成
　　二、基因预测及其基本方法
　　……
　　第1-6章 系统发生树构建
　　第1-7章 蛋白质结构预测与药物设计
　　第1-8章 生物信息学计算机基础
　　*第二篇 高通量测序数据分析
　　第2-1章 基因组拼接与分析
　　第2-2章 基因组变异与分析
　　第2-3章 转录组分析
　　第2-4章 非编码RNA分析
　　第2-5章 甲基化与组蛋白修饰分析
　　第2-6章 宏基因组分析
　　第2-7章 蛋白质组分析
　　*第三篇 生物信息学外延与交叉
　　第3一1章 系统生物学
　　第3-2章 群体遗传学
　　第3-3章 数量遗传学
　　第3-4章 合成生物学
　　*第四篇 生物信息学资源与实践
　　第4-1章 生物信息学常用代码和关键词
　　第4-2章 生物信息学数据库和在线分析工具
　　第4-3章 生物信息学实验
　　第4-4章 生物信息学常用英文术语及释义
　　参考文献
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　　樊龙江 浙江大学生物信息学研究所和作物科学研究所教授，生物信息学和作物遗传育种专业博士生导师。教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者，浙江省生物信息学学会副理事长，德国DAAD访问学者。自2000年起，直接参与浙江大学生物信息学学科筹建，为浙江大学第一批生物信息学专业导师。

　　本书阅读对象为本科、研究生和从事生物学及其相关专业领域（如医学、农
　　学等）科研与开发人员等，可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信
　　息学专业学生和科研工作者的基础教材。本书共分为四部分：生物信息学基础
　　（一篇）、高通量测序数据分析（第二篇）、生物信息学外延与交叉（第三篇）和生
　　物信息学资源与实践（第四篇）。各篇内容：（1）作为生物信息学的基础篇，一
　　篇包括8章内容，涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统
　　发生树构建和蛋白质结构预测等。同时也涵盖了生物信息学计算机基础部分，
　　包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学的
　　基本概念和主要方法。（2）第二篇为高通量序列数据分析，主要针对目前第二代
　　和第三代测序技术产生的核苷酸序列数据，涵盖基于高通量测序数据的基因组
　　拼接、基因组变异、转录组、非编码RNA、甲基化和宏基因组等生物信息学分析原
　　理和技术。（3）第三篇为生物信息学外延与交叉，介绍了与生物信息学紧密相关
　　的四个生物学领域：系统生物学、群体遗传学、数量遗传学和合成生物学。（4）
　　后一篇为生物信息学资源与实践篇，主要罗列了生物信息学主要相关术语、专业
　　词汇、数据库和公开软件等资源，并提供了8个生物信息学实验课程内容。上述
　　一篇和第四篇内容建议作为本科教学的基本内容，第二篇和第三篇可以作为
　　研究生和生物信息学专业学生教学内容。
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