欧文的父亲冤死监狱，他的母亲整日以泪洗面。欧文为了证明父亲的清白，决定接受原阿布斯泰格公司技术人员门罗的帮助。门罗能够通过熟练操作Animus（具备穿越功能的虚拟现实机），让欧文穿越到过去，体验他祖先经历过的历史记忆。 这看似简单地一次穿越，却让欧文遭遇了始料未及的危机。在战场失利被敌军虏获之后，原本愿意以死效忠本族的欧文的先祖，却仿佛着魔般降服于敌军首领的一把匕首之下。此时的欧文并不知道自己在先祖的基因记忆中意外地发现了失传已久的圣物——伊甸园碎片的踪迹。直到他在现代社会的街头目睹了阿布斯泰格公司的员工被杀，以及一个在屋顶飞跑跳跃的刺客对他穷追不舍地追杀，他才明白自己已被卷入了一场激烈的斗争之中。 随着门罗越来越深入的调查发现，圣物出现的消息让刺客兄弟会和圣殿骑士这两个争斗数年的神秘组织闻风而来，欧文和朋友们已然陷入了被两方追杀的危机之中……他们必须zui xian找到这个圣物，才能有一线生机。 为了追寻圣物伊甸三叉戟其中两段戟刃的下落，欧文和朋友们来到了1259年的古代中国，正赶上成吉思汗的孙子蒙哥汗率领蒙军与宋军对峙交火。只不过这一次，他们不再是一个团结的集体，而是被两大敌对组织分裂了。肖恩等人被说服去帮助圣殿骑士团，而欧文和哈维尔则继续追随刺客兄弟会。朋友间的分道扬镳和姐弟间的嫌隙在一次次回到过去的体验中愈演愈烈。 宋军的炮火震撼着大地，蒙军的铁骑也在猛攻。在战火纷飞的古代中国，欧文和朋友们分别体验着各自的祖先的记忆，并且不知情的情况下，于战争前线一次次地针锋相对，只为夺回伊甸三叉戟的戟尖，为效忠的阵营赢得主动权。 当他们取道中国，在罕儿合勒敦山重逢时，意外发生了，第二段戟尖竟然创造出不论是圣殿骑士团还是刺客兄弟会都没有料到的巨大威胁。事已至此，刺客兄弟会与圣殿骑士团只能携手合作找出第三段戟尖，去化解zui 终的危机，解开zui 后的谜题。而那至关重要的第三段戟尖，就藏在斯堪的纳维亚维京人的历史当中……
为了完成圣物伊甸三叉戟zui 后一件戟刃的寻找任务，欧文和朋友们经历了维京时代的祖先记忆。身穿铠甲的勇士和刀盾相搏的战场带给他们惊心动魄的非凡体验。随着所有人祖先记忆的指引，zui 后那至关重要的一件戟刃，被锁定在了瑞典一个叫“匕首泉”的工厂。寻找行动必须马上展开，为了避免圣物再次落入以赛亚之手，欧文一行人率先抵达瑞典，对戟刃进行追踪。不料却被以赛亚占据了先机，格里芬因此而命悬一线，被重重包围的他们zui 终在肖恩的营救下，奇迹般逃离了即将到来的杀戮。重新团聚的朋友们，回到了他们zui 初分道扬镳的地方——鹰巢。此时他们借由维多利亚的帮助，正式展开了对邪恶势力的反击。经历了纽约征兵暴动和中国古代宋蒙之战的少年们，坚强面对着来自邪恶势力的一切打击，一场恶战已经在冲锋的号角声中拉开了帷幕……
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