明朝末年，后金兴起，虎视关内大明江山。明廷腐败，以武当俗家弟子领袖，两湖大侠何其武为首的武林侠士成为抗击后金的一股重要力量。何其武之女何玉燕与其二弟子耿京士相爱而私奔辽东，这天深夜，离家一年的耿京士陪何玉燕回家待产，不料变生不测，何其武在前晚被人害死，耿京士背上了弑师和私通后金的重大嫌疑。何其武的大弟子戈振军杀死了耿京士，何玉燕在生下儿子取名耿玉京后亦自杀，当晚武当首席长老无极也被人暗算而死。戈振军收养了耿玉京，并将其交托于猎户蓝靠山夫妇抚养，改名蓝玉京。戈振军孤身上武当，被武当掌门无相收为关门弟子，道号不歧，同时将玉京收为义子，带在身边学艺。
一晃十五年过去，不歧害怕蓝玉京知道身世而向自己寻仇，故意传授其似是而非的武功。被派下山调查迁葬无极骸骨的无相首徒不戒在外遇害，被武当俗家弟子、中州大侠牟沧浪之子牟一羽所救。无相召集门人宣布接引牟沧浪出家，道号无名，并将掌门之位传给无名。原来三十六年前，昆仑派的玄贞子曾败在无相剑下，其弟子向天明声称艺成后会再度登门比剑。如今向天明已在武林中闯出“剑圣”的名头，无相传位无名正是希望他能打败向天明，保住武当派的声誉。不久向天明的弟子东方亮闯山挑战，连败武当门下，无名亲自出手才将其击败。无相坐化，临终前秘密派遣一向钟爱的徒孙蓝玉京下山，并授以剑诀秘籍，要他去少林寺寻找慧可大师同到辽东寻访七星剑客郭东来。不歧得知蓝玉京下山而深感不安，牟一羽也奉父命下山寻找蓝玉京，以防无相临终前交给蓝的剑谱秘籍落入敌手。
蓝玉京下山后，边赶路边学习师祖交给他的剑谱和心法。江湖败类常五娘伺机截人，被东方亮所救。两人一路同行切磋剑术，各自得益匪浅。东方亮有意偷艺，而蓝玉京却是悟性惊人，进展更为神速。几度历险之后，蓝玉京的剑术达到大成，步入了“从有到无，从无到有”的极高境界。
蓝玉京找到慧可，两人结伴前往辽东。途中经历使蓝玉京逐渐明白了自己的身世，也得知道自己本名耿玉京，慧可大师却遭暗算身亡，多年悬案又添一条人命。当年的真相更加扑朔迷离，耿京士并非杀师凶手，更非私通后金的叛徒，但真正的凶手又是何人？
耿玉京回到武当，养父母蓝靠山夫妇和义父不歧又先后遭到暗杀，而一直疼爱他的聋哑道人竟是奸细，这令耿玉京身心大受打击。无相的葬礼上，剑圣向天明上山挑战，耿玉京奋起精神，击败了向天明而一举成名。而随之一系列的疑案也慢慢解开，原来三十年前，武林中出现了五个年轻高手，合称“小五义”，包括七星剑客郭东来、慧可大师、服侍无相的聋哑道人王晦闻，以及东方亮之父东方晓和姨父西门牧。十五年前的悬案罪魁祸首正是王晦闻和西门牧，王晦闻早投靠了后金，阴谋杀害武林正义之士；而西门牧由于与牟沧浪的个人恩怨假死报复，连累许多正义之士成了牺牲品。数十年的恩恩怨怨随着这些当事者的身亡而得以*终了结。耿玉京到关外行侠，并于数年后在战场上刺杀了努尔哈赤，打击了后金势力；东方亮游侠西北，开创了武当别支；牟一羽则成为新的武当掌门，使得武当派欣欣向荣。三名“武当一剑”，同时名震天下。
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