《肇论》对唐代华严学也有影响。贤首法藏《十二门论宗致义记》卷上云：“故肇公披阅四论，若日月之入怀，彼评云：《百论》广破外道， 《门论》广破小乘，《中论》具破内外，《智论》解释大乘。文势如此也。” 法藏据僧肇说以判四论大旨。清凉澄观、圭峰宗密著述中对僧肇说多有引用。如澄观《华严大疏》释“譬如河中水，湍流竞奔逝，各各不相知，诸法亦如是”，即引《物不迁论》“江河竞注而不流”以证之，盖推其所见妙契佛义。
僧肇“契神于即物”“触事而真”的“不二”观念，对中国禅家有深入影响。据禅宗史书《祖堂集》记载，石头希迁因读《涅槃无名论》“览万象以成己者，其唯圣人乎”，豁然大悟，后作《参同契》，其大旨即为会万物为一己。僧肇“不迁”之论在后世禅师中产生强烈共鸣。《五灯会元》卷四载：“僧问赵州：如何是不迁义？师曰：一个野雀儿从东飞过西。”其后又有禅师答以“暑往寒来”，或云“落花随流水，明月上孤岑”，或云“东生明月，西落金乌”，皆是即迁见不迁，与僧肇之论有异曲同工之妙。雍正帝在所撰《御选语录》中推许僧肇为中土深明禅宗宗旨的*早一位禅师，并辑录其要文。
僧肇对于中国佛教思想史的深远影响，也可由后世多种《肇论》注疏的出现得到反映。据宋·净源《肇论集解令模钞》记载：“始自有唐，终于炎宋，疏钞注解二十余家。”现存尚有十余家注疏。唐代之前，《肇论》研究主要在三论宗内进行。此后，则逐渐为华严以及禅宗宗匠所重视。如宋·净源《肇论中吴集解》《令模钞》、圆义遵式《注肇论疏》、梦庵普信《节释肇论》、元·文才《肇论新疏》《新疏游刃》和明·德清《肇论略注》等，其内容无不受到了华严和禅的影响。通过对《肇论》的注疏，僧肇思想被吸收到华严与禅之中，为其提供了源源不断的养分。
僧肇著作中广泛运用了老庄玄学的语言，而又赋以新意。如《物不迁论》中引《庄子·田子方》之文：“故仲尼曰：回也见新，交臂非故。”意谓交臂之顷，已新新非故，变化密移不可执留。然而僧肇并没有停留在这种通常的理解，而是给予了一种完全不同的解读。僧肇的结论是：“如此，则物不相往来，明矣。”认为孔圣之言隐微难测，言虽似动而意在显静，此文的深意在于显示即生灭迁流法中可见物不相往来的不迁不变之义。由此可见，僧肇对老庄的引用，是站在佛教化立场的以佛解道。
僧肇的佛教学立足于大乘中观哲学而又注重融摄贯通儒道思想，加以华美的文笔，因而较之外来思想更容易被后人所接受和喜爱。特别是宋明以后，随着诸宗融合、三教一致思潮的兴起，僧肇思想的重要价值被重新认识，受到重视。明末四大师之一的蕅益智旭在所撰《阅藏知津》中有云：“此土述作，唯肇公及南岳、天台二师醇乎其醇，真不愧马鸣、龙树、无著、天亲。”对僧肇做出了极高的评价。
僧肇著作多种。现行《肇论》，乃合僧肇先后所作《物不迁论》《不真空论》《般若无知论》《涅槃无名论》等四论，并首加总序《宗本义》一篇而成。此外，现存尚有《注维摩诘经》《金刚经注》《宝藏论》，及《维摩诘经序》《长阿含经序》《梵网经序》《四分律序》《百论序》《法华翻经后记》《鸠摩罗什法师诔》等诸经论序。散佚的有《丈六即真论》，载于刘宋·陆澄《法论目录》。又法藏《华严经探玄记》卷八引用了“肇法师《法华疏》”，吉藏《法华玄论》卷一也有提及，僧肇似应有《法华经疏》之撰。由于年代久远，僧肇著作存在真伪问题，相关讨论及版本源流情况见本书各篇之前的说明中。
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